Ninja Captains for Nintendo DS kiemelkedik stratégiai, forduló-alapú harccal, amely egy lebilincselő narratívára épül, ahol nindzsa klánok küzdenek a dominancia megszerzéséért. A játékosok egy jellegzetes nindzsa harcosokból álló csapatot vezetnek, mindegyik egyedi képességekkel és háttértörténettel, miközben gazdagon megtervezett küldetéseken és kibontakozó összeesküvéseken navigálnak. A játék világa gazdagon ábrázolja a régi rivalizálásokat és a titkos technikákat, ezzel magával ragadó élményt teremtve a taktikai RPG-k és a nindzsa lore rajongói számára.