Geboren in de vuren van de hel en als baby naar de Aarde gebracht om kwaad te verrichten, werd Hellboy gered uit duistere krachten door de welwillende Dr. Broom, die hem opvoedde tot een held. In het geheime Bureau of Paranormal Research and Defense van Dr. Broom creëert Hellboy een onwaarschijnlijk gezin, bestaande uit de telepathische "Mer-Man" Abe Sapien en Liz Sherman, de vrouw van wie hij houdt en die vuur kan beheersen. Verborgen voor de maatschappij die ze beschermen, vormen zij de sleutelverdedigingslijn tegen een kwaadaardige maniak die Hellboy terug wil brengen naar de duistere kant en zijn krachten wil gebruiken om de mensheid te vernietigen.