Tiener-uitgezette Peter Parker spant zijn dagen bezig met het ontrafelen van het mysterie van zijn eigen verleden en het veroveren van het hart van zijn middelbare-schoolcrush, Gwen Stacy. Peter ontdekt een mysterieuze koffer die toebehoorde aan zijn vader, die hem achterliet toen hij nog een kind was, wat hem leidt naar de voormalige partner van zijn vader, Dr. Curtis Connors. De ontdekking van zijn vaders geheim zal uiteindelijk zijn lotsbestemming vormen om "Spider-Man" te worden en brengt hem oog in oog met Connors, die uitgroeit tot de wrede en wraakzuchtige Lizard.