Na uit het water te zijn gehaald met twee kogels in zijn rug, ontwaakt Jason Bourne op een vissersboot zonder herinnering aan zijn betrokkenheid bij een topgeheim, black ops tak van de CIA genaamd Treadstone. Terwijl hij worstelt om zijn geheugen terug te krijgen, benoemen zijn voormalige werkgevers hem tot een rogue agent en richten hun pijlen op zijn verwijdering. Bourne ontdekt later weer zijn buitengewone overlevingsvaardigheden, waaronder hand-tot-hand gevechten, vechtsporten en meerdere talen, en begint te begrijpen wie hij werkelijk is.