Wanneer zijn maîtresse wordt vermoord en hij ten onrechte wordt beschuldigd van de moord op een mede-agent, bevindt Jason Bourne zich opnieuw op de vlucht. Maar terwijl hij dichter bij de moordenaars van zijn vriendin komt, beseft hij dat zijn voormalige begeleiders terug op zijn spoor zijn. Nadat zijn vingerafdrukken op de plaats van een moord in Berlijn zijn gevonden, wordt een ambitieuze CIA-operatieve gedetermineerd om hem voorgoed te stoppen. Achtervolgd door verlammende fragmentarische herinneringen terwijl hij door het doolhof van internationale spionage navigeert, moet Bourne zijn tegenstanders te slim af zijn, tactisch te slim af zijn en fysieke kracht tonen tegen enkele van de machtigste krachten ter wereld, gewoon om te overleven.