Mowgli (Neel Sethi) is een weeskind dat door wolven in het oerwoud is opgegroeid. Hij spreekt, net als zijn familie, inclusief zijn stiefmoeder Raksha (vertolkt door Lupita Nyong'o), leider van de roedel Akela (vertolkt door Giancarlo Esposito) en vriend Grey (vertolkt door Brighton Rose), een jonge wolvenwelp. Hij is welkom in het oerwoud en door de andere dieren, zolang hij, min of meer, zich gedraagt als een van hen en zijn "mensenvaardigheden" niet gebruikt om zijn leven te bevorderen of de natuurlijke wereld en de dierenorde om hem heen te veranderen. Dingen veranderen wanneer een tijger genaamd Shere Khan (vertolkt door Idris Elba), wiens persoonlijke geschiedenis met mensen hem heeft geruïneerd en blind in één oog heeft gelaten, zijn bedoeling uitspreekt om Mowgli te voorkomen dat hij uitgroeit tot een gevaarlijke man. Khan zal zichzelf beperken zolang een dierenvrede-pact dat tijdens een moeilijke droge periode is gesloten, standhoudt, maar wanneer de regen komt, zal Khan komen voor zijn prooi. Wanneer die hevige regen wel komt, besluit Mowgli de jungle te verlaten om onder zijn eigen soort te leven in plaats van alles en iedereen die hij dierbaar is in gevaar te brengen. Met de hulp van degene die hem als kind heeft gevonden — een vriendelijke, verstandige en ervaren Panter genaamd Bagheera (vertolkt door Ben Kingsley) — gaat Mowgli op een gevaarlijke reis richting welk nieuw thuis hem te wachten staat.