Zet in Japan in de jaren 1870, vertelt The Last Samurai het verhaal van kapt. Nathan Algren, een gerespecteerde Amerikaanse militaire officier die door de keizer van Japan is ingehuurd om het land's eerste leger te trainen in de kunst van moderne oorlogsvoering. Terwijl de keizer probeert de oude Imperial Samurai-strijders uit te bannen ter voorbereiding op beleidskeuzes die westerser en handelvriendelijker zijn, raakt Algren onverwachts onder de indruk en beïnvloed door zijn ontmoetingen met de Samurai, wat hem in het centrum plaatst van een strijd tussen twee tijdperken en twee werelden, met slechts zijn eigen eergevoel als leidraad.