Ninja Captains for Nintendo DS skiller seg ut med sitt strategiske turbaserte kampoppsett, satt mot en fascinerende historie om ninja-klaner som kjemper om dominans. Spillerne leder et team av særegne ninja-krigere, hver med unike evner og bakhistorier, og navigerer gjennom velfinansierte oppdrag og utviklende konspirasjoner. Spillverdenen skildrer rike gamle rivaliseringer og hemmelige teknikker, og skaper en nedsenkende opplevelse for fans av taktiske RPG-er og ninja-sagn alike.