Oppfølgeren til den prisvinnende spin-offen fra 2009 av den klassiske sci-fi-eventyrserien fra 1960-tallet. Kaptein Kirk og mannskapet på U.S.S. Enterprise blir kalt tilbake til Jorden etter en ødeleggende kraft innenfor deres egen organisasjon som får planeten i kaos og Starfleet i stykker. Fast bestemt på å få oppgjøret, legger Kirk ut på en jakt sammen med resten av mannskapet, inkludert Spock, Scotty og Chekov, for å finne partiet som står bak før hele verden blir lagt i grus.