Etter å ha blitt dratt opp av havet med to kuler i ryggen, våkner Jason Bourne til på en fiskebåt uten minne om sin involvering i CIA’s topphemmelige, svarte operasjoner-avdeling kalt Treadstone. Mens han kjemper for å gjenvinne minnet, kaller hans tidligere arbeidsgivere ham en rogue agent og tar sikte på hans avslutning. Bourne oppdager senere pånytt sine ekstraordinære overlevelsesferdigheter, inkludert kamp til fots, kampsport og flere språk, og begynner å forstå hvem han egentlig er.