Når hans elskerinne blir drept og han blir dømt for drapet på en medagent, finner Jason Bourne seg på rømmen igjen. Men når han nærmer seg kjærestenes drapsmenn, innser han at hans tidligere operatører er tilbake på sporet. Etter at hans fingeravtrykk blir funnet på stedet for et drap i Berlin, blir en ambisiøs CIA-foretningsmann fast bestemt på å stoppe ham en gang for alle. Husket av nedslående fragmenterte minner mens han navigerer i labyrinten av internasjonal spionasje, må Bourne lure, manøvrere og overgå noen av de mektigste kreftene i verden bare for å overleve.