Set in Japan during the 1870s, The Last Samurai forteller historien om Capt. Nathan Algren, en respektert amerikansk militæroffiser ansatt av keiseren av Japan for å trene landets første hær i kunsten av moderne krigføring. Mens keiseren forsøker å utrydde de gamle keiserlige samuraiene i forberedelse til mer vestligt påvirket og handelvennlig regjeringspolitikk, finner Algren seg uventet imponert og påvirket av møtene med samuraiene, noe som setter ham i sentrum av en kamp mellom to epoker og to verdener, med bare sin egen æresfølelse som guide.