Gdy jego ukochana zostaje zabita, a on sam zostaje oskarżony o zabójstwo jednego z agentów, Jason Bourne znów musi uciekać. Jednak gdy zbliża się do zabójców swojej dziewczyny, odkrywa, że jego dawne osoby odpowiedzialne za operacje znów idą mu w ślad. Po tym, jak odciski palców Bourne’a zostają znalezione na miejscu zabójstwa w Berlinie, ambitny operacyjny CIA postanawia po raz kolejny powstrzymać go za wszelką cenę. Torturowany wyniszczającymi, fragmentarycznymi wspomnieniami, przemierzając labirynt międzynarodowego wywiadu, Bourne musi przechytrzyć, przeprowadzić manewr i złamać potęgią niektóre z najpotężniejszych sił na świecie, aby przeżyć.