Akcja toczy się w Japonii w latach siedemdziesiątych XIX wieku i The Last Samurai opowiada historię kapitana Nathana Algrena, szanowanego amerykańskiego oficera wojskowego najętego przez Cesarza Japonii do wyszkolenia pierwszej w historii armii kraju w sztuce nowoczesnej walki. Gdy Cesarz usiłuje wyeliminować dawno istniejących wojowników Imperialnego Samurajów w przygotowaniu do bardziej zwesternizowanych i przyjaznych dla handlu polityk rządowych, Algren zostaje nieoczekiwanie zafascynowany i zainspirowany spotkaniami z Samurajami, co stawia go w centrum walki między dwoma epokami i dwoma światami, z własnym poczuciem honoru jako jedynym przewodnikiem.