Po zniszczeniu obcej cywilizacji na Wenus, trójgłowy, wyładowujący błyskawice kosmiczny potwór Ghidorah przynosi swoją nienasyconą żądze zniszczenia na Ziemię, gdzie dzielni wrogowie Godzilla, Rodan i Mothra muszą połączyć siły, aby stawić czoła bezprecedensowemu zagrożeniu.