„Admiral” James T. Kirk niechętnie wyrusza na dyplomowaną wyprawę kadetów na nowo chrzczony statek szkoleniowy Starfleet Academy, USS Enterprise. Wtedy jego cały świat wywraca się do góry nogami, gdy natknie się na swojego dawnego wroga – Khan Noonien Singh! Po 15 wyczerpujących latach wygnania na planecie Ceti Alpha V Khan i jego zwolennicy uciekli, porzynając statek kosmiczny. Co gorsza, Khan odkrył plany testowania rekonfigurowania planety „Genesis Device”. Podczas nadchodzącej bitwy oba okręty zostały poważnie uszkodzone. Jednak Khan jest w stanie zlokalizować i ukraść urządzenie, by wykorzystać je jako broń. Ich kotka i myszka gra ostatecznie staje się śmiertelna dla obu okrętów. Strachliwy odwetu Khan jest gotów poświęcić wszystko. Kirk nie jest i desperacko próbuje uratować swój statek. Fatalne rozwiązanie będzie kosztować go więcej, niż kiedykolwiek musiał zapłacić wcześniej — jego przyjaciela!