Neo, Morpheus, Trinity i reszta ich załogi nadal toczą walkę z maszynami, które zniewoliły ludzką rasę w Matrixie. Teraz coraz więcej ludzi budzi się z Matrixa i próbuje żyć w realnym świecie. Gdy ich liczba rośnie, bitwa przenosi się do Zionu, ostatniego prawdziwowego miasta i ośrodka ludzkiego oporu.