"Admira" James T. Kirk relutantemente embarca em um cruzeiro de cadetes no recém batizado navio-estação de treinamento Starfleet Academy, a USS Enterprise. Então seu mundo inteiro é realmente virado de cabeça para baixo quando ele cruza o caminho com seu antigo inimigo – Khan Noonien Singh! Após 15 anos exilado no planeta Ceti Alpha V, Khan e seus seguidores escaparam ao sequestrar um cargueiro estelar. Pior ainda, Khan descobriu os planos para testar o reconfigurador do planeta, o “Genesis Device”. Durante a batalha que se segue, ambos os navios estelares ficam incapacitados. No entanto, Khan consegue localizar e roubar o dispositivo para usá-lo como arma. Seu jogo de gato e rato finalmente se torna mortal para ambos os navios. Khan, movido pela vingança, está mais do que pronto para sacrificar tudo. Kirk não está, e ele desesperadamente tenta salvar seu navio. A solução fatal lhe custará mais do que já precisou pagar antes: o seu amigo!