Pe măsură ce lupta dintre om și mutant continuă, se descoperă o „vindecare” a mutation, care le permite celor cu abilități supraomenești să scape de povara lor și să se integreze pe deplin în societate. Comunitatea mutantelor se află rapid în fața unei\ndiviziuni în rândul celor care aleg să-și păstreze abilitățile — calități pe care le consideră a defini însăși esența lor — pe de o parte, și cei care, ca membru al echipei X-Men Rogue (Anna Paquin, Almost Famous), care tânjesc să scape de o putere care îi împiedică să se bucure de o viață normală, pe de altă parte. În umbră, un grup de mutanți vede introducerea vindecării ca o dovadă suplimentară că omul și mutantul nu pot coexista, în ciuda unui Președinte pro-mutant și a unui mutant în cabinetul Președintelui, Beast (Kelsey Grammer). Condus de Magneto (Ian McKellen), acești mutanți se pregătesc pentru confruntarea finală între speciile — și se alătură unui personaj surprinzător din trecut. Între timp, Cyclops (James Marsden) jeleste o pierdere personală și caută răspunsuri în timp ce Wolverine (Hugh Jackman), Storm (Halle Berry) și Profesorul X (Patrick Stewart) trebuie să înfrunte amenințarea în creștere la adresa păcii și să facă față transformării unuia dintre ai lor într-o ființă atotputernică numită „Phoenix”.