„Admiral” James T. Kirk begrudging pornește într-un croazieră ca înascutare cadet pe nava de instruire proaspăt botezată Starfleet Academy, USS Enterprise. Apoi întreaga lui lume se întoarce cu susul în jos când se ciocnește de vechiul său duşman – Khan Noonien Singh! După 15 ani aneantici de exil pe planeta Ceti Alpha V, Khan și adepții săi au reușit să evadeze prin deturnarea unei nave stelare. Mai rău, Khan a descoperit planurile pentru testarea reconfigurării planetei „Genesis Device.” În timpul bătăliei ce urmează, ambele nave sunt puse la pământ. Cu toate acestea, Khan este capabil să localizeze și să fure dispozitivul pentru a-l folosi ca armă. Jocul lor de-a pisica și șoarece devine în cele din urmă mortal pentru ambele nave. Răzbunarea este ghidată de Khan, care este pregătit să sacrifice totul. Kirk nu este, iar el încearcă disperat să-și salveze nava. Soluția fatală îl va costa mai mult decât a avut vreodată să plătească: prietenul său!