Ahogy a férfi és a mutáns közötti harc folytatódik, egy „gyógymód” a mutációra található, amely lehetővé teszi a szuperképességekkel élők számára, hogy megszabaduljanak terheiktől és teljesen beilleszkedjenek a társadalomba. A mutáns közösség gyorsan megosztottá válik ebben a kérdésben: egy oldalra kerülnek azok, akik megtartják képességeiket — olyan tulajdonságok, amelyeket alapvetőnek éreznek —, és a másik oldalon ott vannak, mint az X-Men csapat tagja, Rogue (Anna Paquin, Almost Famous), akik arról vágynak, hogy megszabaduljanak egy olyan hatalomtól, amely megakadályozza őket abban, hogy normális életet élhessenek. Kihúzódik az árnyékból egy mutánsokból álló csoport, amely a gyógyír bevezetését még inkább megerősítésként látja arra, hogy ember és mutáns nem tud együtt élni, annak ellenére, hogy egy pro-mutáns elnök és az elnökkel egy kabinetben lévő mutáns, Beast (Kelsey Grammer) is jelen van. Magneto (Ian McKellen) vezetésével ezek a mutánsok készülnek a fajok közötti végső összecsapásra — és csatlakozik hozzájuk egy meglepő múltbeli szereplő is. Eközben Cyclops (James Marsden) személyes veszteségét gyászolja és keres választ, miközben Wolverine (Hugh Jackman), Storm (Halle Berry) és Professor Xavier (Patrick Stewart) szembesülnek a békére egyre nagyobb fenyegetéssel, és foglalkozniuk kell egy gazdaságosabbá váló átalakulással — egy olyan személyé, akit az egész hatalmas lényre neveznek „Phoenix”-nek.