Neo, Morpheus, Trinity és a többiek folytatják a harcot a gépekkel szemben, amelyek rabszolgává tették az emberiséget a Mátrixban. Most egyre több ember ébred fel a mátrixból és próbál meg élni a valós világban. Ahogy nő a létszámuk, a harc a Zion felé, a végső valós világbeli városba és az emberi ellenállás központjába kerül.