Ninja Captains for Nintendo DS onderscheidt zich door het strategische, turn-based gevecht, gesitueerd tegen een intrigerende vertelling van shinaclans die strijden om de macht. Spelers leiden een team van onderscheidende ninjastrijders, elk met unieke vaardigheden en achtergronden, en navigeren door rijk ontworpen missies terwijl intriges zich ontvouwen. De wereld van de game beeldt oude rivaliteiten en geheimen technieken uit, waardoor een meeslepende ervaring ontstaat voor fans van tactische RPG’s en ninja-legendes.