Grote insectachtige buitenaardsen die op een stervende planeet op keizersachtige kakkerlakken lijken, plannen om de Aarde te koloniseren in de plot van "Space Hunter Nebula M". De buitenaardsen nemen de vormen aan van dode mensen en werken als ontwikkelingsmedewerkers van het vredesgerichte themapark, World Children's Land, waarvan de centrale punt wordt gevormd door "Godzilla Tower". De Nebula M-buitenaardsen zijn van plan om de ruimte-monsters Gigan en King Ghidorah te gebruiken, geleid door twee "Action Signal Tapes", om de menselijke beschaving uit te wissen. Mangaka Gengo Kotaka stuit op hun plan nadat hij is aangenomen als conceptkunstenaar voor het park. Wanneer Gengo en zijn vrienden per ongeluk een van de Action Signal Tapes bemachtigen en afspelen, horen Godzilla en Anguirus het signaal en realiseren zich dat er iets mis is. Godzilla stuurt Anguirus om het te onderzoeken. Wanneer Anguirus Tokyo nadert, slaan de Japanse Zelfverdedigingskrachten, de misverstanden over de bedoelingen van het monster, hem drijven weg. Anguirus brengt verslag uit op Monster Island, en Godzilla volgt hem terug naar Japan om de Aarde te redden van Gigan en King Ghidorah. De buitenaardsen proberen Godzilla te doden met een dodelijke laserskanon verborgen in Godzilla Tower (de blauwe laserstraal lijkt ook op Godzillas atomaire adem), maar Gengo en zijn metgezellen gebruiken de buitenaardse afhankelijkheid van technologie tegen hen, waardoor de indringers onbewust zichzelf vernietigen. Na een lange strijd dwingen Godzilla en Anguirus Gigan en King Ghidorah terug de ruimte in en vervolgens zwemmen Godzilla en Anguirus terug naar Monster Island, maar niet voordat Godzilla zich omdraait en een triomfantelijke brul geeft, als dank aan zijn menselijke vrienden.