I kjølvannet av Spocks ultimate offer, vender mannskapet på U.S.S. Enterprise tilbake til Jorden fra den nyformas Genesis-planeten. Ved ankomsten får mannskapet høre at livet hjemme ikke blir lettere: Scotty blir omplassert, Dr. McCoy virker å miste vettet, og Enterprise skal avregistreres. Først når Kirk konfronteres av Spocks far, får han vite at hans gamle venn kanskje har en ny sjanse til liv, hvis mannskapet kan overleve et klingonsk angrep og vende tilbake til Genesis-planeten.