Ninja Captains for Nintendo DS wyróżnia się strategiczną turową walką osadzoną w intrygującej narracji o klanach ninja walczących o dominację. Gracze prowadzą zespół wyjątkowych ninja wojowników, z unikalnymi umiejętnościami i historiami, poruszając się po bogato zaprojektowanych misjach i rozwijających się spiskach. Świat gry w sposób bogaty przedstawia dawne rywalizacje i sekretnie techniki, tworząc wciągające doświadczenie dla fanów taktycznych RPG i opowieści o ninja.