Medtem ko se bojeviti med človekom in mutantom nadaljuje, se odkrije “ozdravitev” mutacije, ki omogoča tistim z nadčloveškimi sposobnostmi, da se znebyjo svojega bremena in se popolnoma vključijo v družbo. Mutantska skupnost se hitro znajde razdeljena glede te zadeve: na eni strani tisti, ki izberejo, da ohranijo svoje sposobnosti — lastnosti, ki jih po njihovem mnenju določajo njihovo bit —, na drugi strani pa tisti, kot je član ekipe X-Men Rogue (Anna Paquin, Almost Famous), ki želi skupaj znebiti moči, ki jim preprečuje običajno življenje. Poleg zavetja v sencah je skupina mutantov, ki vidi uvedbo ozdravitve kot še en dokaz, da človek in mutant ne moreta sobivati, kljub pro-mutantu predsedniku in mutantki v predsednikovem kabinetu, Beast (Kelsey Grammer). Pred vodstvom Magneto (Ian McKellen) ti mutanti pripravljajo zadnji obračun med vrstami — in k temu se pridruži presenetljivi lik iz preteklosti. Medtem X-Meni Cyclops (James Marsden) trpi zaradi osebne izgube in išče odgovore, medtem ko se Wolverine (Hugh Jackman), Storm (Halle Berry) in Profesor Xavier (Patrick Stewart) soočajo z vedno večjo grožnjo miru ter se spopadajo z preobrazbo enega izmed njih v vse-powerful bitje z imenom "Phoenix."